Im Jahr 1765 kam er als frischvermählter junger Pfarrer von 32 Jahren mit seiner Frau Johanna Susanna Veronika geborene Gmelin (1741 - 1769), einer Apothekerstochter aus Tübingen, nach Sulz. Er übernahm das Diakonat, die zweite Pfarrstelle unter den Dekanen Hellwag und Weiß... Er hatte eine schwache Statur und Gesundheit, wahrscheinlich litt er am Hauptübel seiner Zeit, an der "Lungenschwindsucht", der Tuberkulose.In seiner Familie musste er schwere Schicksalsschläge hinnehmen: Alle vier Kinder seiner ersten Frau starben früh. Mehrfach schreibt Bauder einen kleinen Vers hinter den schmerzlichen Eintrag ins Totenbuch. Als das letzte Töchterchen aus der ersten Ehe mit fünf Jahren starb, vermerkte er:
So geh denn hin in deine Kammer,
und schleuß die Türe nach dir zu,
verschlafe Schmerzen, Leid und Jammer,
du holde Christiane, du!
Wir bleiben von dir ungetrennt,
weil Jesus dich und uns erkennt.
An den Folgen der Geburt des dritten Kindes starb auch seine Frau im Alter von 25 Jahren. Nach schwerer Krankheit heiratete er 1770 die Witwe Agnes Maria Weißer (1742 - 1817), geb. Müller, aus Backnang.
1782 wird Bauder als Dekan nach Hornberg berufen. Er kehrt 1793 nach Sulz zurück und wird Nachfolger von Dekan Weiß. Gleich am Anfang seiner Amtszeit als Dekan erlebt er den katastrophalen Stadtbrand von 1794. Am 22. Juli 1794, dem Sonntag nach dem Stadtbrand, liest er den Sulzern die Leviten. In seiner Predigt, die nachher gedruckt und zu Gunsten der Abgebrannten verkauft wurde, beschreibt er schonungslos die materielle und geistige Situation.
Alles lag bei Nacht auf dem freien Feld durcheinander; Kinder, Elter, Vieh, Mobilien. Unter dieser Verwirrung wurde von gottlosen Leuten, welche sich Schaarenweise von allen Enden herzudrangen, mehr geraubt, als das Feuer verzehrt hatte. Sie traten und sprengten sogar die Thüren von den Kellern hinein, wie auch in dem Decanathaus geschahe, und ließen, was sie nicht gesoffen, in den Boden laufen. Der Ruin ist beinahe total, die Gemeinde ist nun ganz zerstreut, teils wohnt sie erbärmlich aufeinander in einigen Häusern der Vorstadt; teils auf dem Feld in bretternen Hütten; teils ist sie in benachbarte Orte gezogen. Einige Kranke sturben vor Schrecken. Und wie wirds auf den Winter gehen?
Es sind schwere Zeiten, die ihre Spuren hinterlassen. 1789 war die Französische Revolution ausgebrochen und mehrfach hatte die Stadt unter Revolutionsarmeen zu leiden. Außerdem fordern grassierende Krankheiten, wie Blattern und Tuberkulose, ihren Zoll.
Als neu angestellter Diakon hatte er einst fröhlich an seine Mitbrüder geschrieben:Liebe Brüder, wir haben nun Amt, Besoldung, Oeconomie, laßt uns zusehen, daß wir vom Geitz nicht verschlungen werden. Ich habe auch Anfechtung davon gehabt, wir haben ja die Weiber für die Oeconomie.(Ulrike Gleixner: Pietismus und Bürgertum - eine historische Anthropologie der Frömmigkeit,S.104, Göttingen 2005)
In einem Brief Bauders vom 27. Mai 1796 klingt Resignation und Enttäuschung an:
In die gegenwärtige böse Welt kann ich mich fast nicht mehr schicken. Ich dachte erst vor etlichen Tagen unter Empfindung manches Kummers und vieler Mühseligkeit: es ist genug, so nimm nun, HERR, meine Seele! Ich sagte zu meiner Frau; "ich habe genug gelebt." Sie erwiederte: es gehe ihr gerade auch so. [...] Daher predige ich nimmer so scharf wie ehedessen als Diakonus hier und als Special anfänglich in Hornberg. Ich richte vielmehr mein Augenmerk auf die kranken, abgematteten Schafe. Babel will ich nicht heilen. Die Spötter bleiben Spötter ...Da drischt man mit scharfen Bestrafungen leer Stroh. Die Elenden mache ich gern zu meinem Augenmerk.(veröffentlicht in "Der Christen-Bote", Jahrgang 1833, Hg. M.Johann Christian Friedrich Burk - Pfarrer in Thailfingen und Nebringen bei Herrenberg)
1807 erfährt er eine hohe Ehrung, er wird als "Ritter des Civil-Verdienst-Ordens" von Württemberg geadelt.
Trotz mehrfacher schwerer Krankheiten erreicht er das hohe Alter von 81 Jahren.